为了贯彻实施国务院批准的《外国公司船舶运输收入征税办法》（财税字〔1996〕87号，以下简称《办法》），进一步加强和完善外国公司船舶运输收入的税收管理以及国际海运业对外支付管理，根据我国税收法律法规和外汇管理的有关规定，现通知如下：
一、《办法》第三条所称应纳税款的扣缴义务人是指按照国家有关规定，负责向《办法》第三条所称的纳税人（以下简称“纳税人”）直接或间接支付运费的单位或个人（以下简称“扣缴义务人”），包括外商独资船务公司、国际船舶代理公司、国际货运代理公司、以及其他对外支付国际海运运费的单位或个人。
扣缴义务人应按照我国法律法规的有关规定履行代扣代缴、代收代缴税款的义务。
二、扣缴义务人在每次对外支付运费前，以对外支付运费总额为应纳税收入总额，按照《办法》第四条规定的综合计征率，直接从纳税人的运费总额中代扣应纳税款，并按照有关规定分别向当地主管国家税务局报送《中华人民共和国国家税务总局代扣代缴外国公司船舶运输收入所得税报告表》，向地方税务局报送《中华人民共和国国家税务总局代扣代缴外国公司船舶运输收入营业税报告表》。如主管税务机关无特别要求，可不再报送《办法》第九条所规定报送的报表。
三、扣缴义务人在国际贸易出口项下向纳税人支付运费时，可以凭合同或协议、境外船运公司发票和提单（或副本），提交当地主管税务机关出具的企业所得税、营业税完税凭证，或者《中华人民共和国国家税务总局外国公司船舶运输收入免征企业所得税证明表》（以下简称《免征所得税证明表》）和《中华人民共和国国家税务总局外国公司船舶运输收入免征营业税证明表》（以下简称《免征营业税证明表》），经外汇指定银行真实性审核后，直接从其有关外汇账户向境外支付。不能按要求提供税务凭证或免税证明的，不得对外付汇。
在国际贸易进口项下对外支付海运运费，无须提供税务凭证或证明。
四、按照我国同其他国家缔结的避免双重征税协定、互免海运企业国际运输收入协定、海运协定以及其他有关协议或者换文，纳税人可以享受减税或者免税待遇的，须自行或委托其扣缴义务人分别向当地主管国家税务局填报《免征所得税证明表》，向当地主管地方税务局填报《免征营业税证明表》。
当地主管税务机关根据纳税人提供的由缔约国税务主管当局出具的居民身份证明、或者由缔约国航运主管部门出具的法人证明文件、或者能够证明纳税人居民身份的其他有效证件，审核确认后，发给该纳税人或其扣缴义务人《免征所得税证明表》或《免征营业税证明表》。证明表自主管税务机关签发之日起三年内有效。如果纳税人在三年内居民身份变更，或所持证明表三年期满后，仍需享受免税待遇的，须向主管税务机关重新申请免税。
未申请免税或不能提供有关证明文件的，不得享受免税待遇。
纳税人不能及时提交免税证明的，可先按规定征税，待补交证明后办理退税。
五、纳税人以船舶从中国港口运载旅客、货物或者邮件出境，不通过境内单位或个人支付运费，而是在境外向境外付款人直接收取运费的，应在船舶离境港口所在地的国家税务局和地方税务局自行申报纳税。境内单位或个人在为纳税人办理有关业务时，得知上述在境外收取运费的情况后，应当及时向当地国家税务局和地方税务局填报《外国公司境外收取船舶运输收入情况报告表》，报告纳税人在中国经营运输业务的有关情况。纳税人未及时申报纳税、境内单位或个人知情不报的，应当按照税收法律法规的有关规定予以处罚。
如果纳税人在一个纳税年度内未申报汇达税款，也未申请协定免税待遇的，当地国家税务局和地方税务局应及时将该纳税人的有关情况层报国家税务总局。
六、各地税务机关可依照《国家税务局关于调整外轮代理分公司代征代缴税款提取手续费比例的通知》（国税函发〔1990〕380号）的有关规定，向扣缴义务人支付代扣代缴手续费。
七、自本通知发布之日起，按照有关规定能够享受免税待遇的纳税人，可以自行在港口所在地、或者委托扣缴义务人在扣缴义务人所在地的县以上主管税务机关办理免税证明。
八、违反上述规定的，依照《中华人民共和国税收征收管理法》及有关规定和国家外汇管理的有关规定，予以处罚。
各地税务机关为纳税人办理船舶运输收入免税证明后，须将纳税人有关情况层报国家税务总局备案。国家税务总局根据各地上报情况，将联合国家外汇管理局等有关管理部门不定期发布享受免税待遇的外国公司名单。
扣缴义务人向列入免税名单的纳税人支付运费，可以向外汇指定银行提供免税证明的复印件。
九、本通知自2002年5月1日起执行。
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