根据《中华人民共和国土地增值税暂行条例》及其《实施细则》的规定，结合本市的实际情况，对有关征收管理问题，作如下补充规定：
一、房地产开发企业出售商品房或转让土地使用权和其他经营单位转让房地产的土地增值税，由主管税务机关负责征收管理，其中内资企业由负责内资企业征管的税务机关征收，外资企业由负责外资企业征管的税务机关征收。
二、机关、团体、事业等非经营性单位和个人转让房地产的土地增值税，由其所在地负责地方税征管的税务机关征收。
三、纳税人转让房地产跨省、自治区、直辖市范围的，应按房地产所在地分别申报纳税。如转让房地产在本市范围内跨二个或二个以上地区的，除机关、团体、事业等非经营性单位和个人按纳税人所在地税务机关申报纳税外，均应向主管税务机关集中申报纳税。
四、出售商品房或转让土地使用权较多的房地产开发企业，可按季申报纳税，具体税款缴纳期限由主管税务机关确定。土地增值税的缴纳应在营业税、城市维护建设税、教育费附加等之后、所得税之前缴纳，以便在计算土地增值税时扣除营业税、城市维护建设税、教育费附加等，计算所得税时扣除土地增值税。
五、房地产开发企业在若干地块综合开发各类商品房，既有住宅又有办公楼、标准厂房，既有普通标准住宅又有高级公寓、别墅等，对已出售的商品房中，属于同一地块同类型商品房，可合并申报计算土地增值税；属于不同地块不同类型商品房，应分别申报计算土地增值税。
六、土地增值税纳税申报表等征管资料，由国家税务总局统一表格式样，纳税人必须按税法的有关规定和申报表的填报要求，向主管税务机关或所在地税务机关如实申报转让房地产取得的收入、扣除项目金额以及应纳税款，并按期缴纳税款。
七、土地增值税纳税申报表包括适用于从事房地产开发纳税人的《土地增值税项目登记表》和《土地增值税纳税申报表（一）》及适用于非从事房地产开发企业纳税人的《土地增值税纳税申报表（二）》。从事房地产开发的纳税人，应在取得土地使用权并获得房地产开发项目开工许可后，根据税务机关确定的时间，向主管税务机关报送《土地增值税项目登记表》，并在每次转让（包括预售）房地产时，依次填报表中规定栏目的内容；纳税人转让（包括预售）其开发的房地产并取得收入的，应根据税务机关确定的时间，定期向主管税务机关报送《土地增值税纳税申报表（一）》。非从事房地产开发的纳税人应在签订房地产转让使用后的七日内，向主管税务机关或所在地税务机关填报《土地增值税纳税申报表（二）》。
八、从事房地产开发的纳税人，不论是在1994年1月1日以前或以后签订开发合同及立项的房地产，只要在1994年1月1日以后发生转让（包括预售）房地产的，都必须填写《土地增值税项目登记表》和《土地增值税纳税申报表（一）》，经税务机关审核后确定征免土地增值税。
九、房地产开发纳税人出售非本身开发的商品房（即购入商品房用于出售的），应填报《土地增值税纳税申报表（二）》，具体报送日期可与出售本身开发的商品房填报《土地增值税纳税申报表（一）》同。
十、为了便于计算土地增值税增值额，根据出售房地产的不同情况分别设计以下四种扣除公式：
1．土地使用权转让（指土地使用权人将未附有建筑物和其他附着物的土地使用权出售给买受人）。
增值额＝转让土地使用权收入－（取得土地使用权时所支付的价款＋对土地进行开发的成本）×125%－利息支出－销售税金
2．建造商品房出售的（指纳税人取得土地使用权后，建造商品房，并将商品房连同土地使用权一并出售）。
增值额＝出售商品房取得收入－（取得土地使用权时所支付的价款＋建造商品房及配套设施的成本）×125%－利息支出－销售税金
3．购入商品房用于出售的（指纳税人购入商品房用于出售的经营业务）
增值额＝出售商品房取得的收入－购入商品房支付的价款－三项费用（包括利息支出）－销售税金
4．其他房地产转让（指纳税人出售旧房连同土地使用权一并转让）
增值额＝出售房地产取得的收入－取得土地使用权时所支付的价款（如属行政划拨的无偿用地应为“零数”）－房产评估重置价×成新率－销售税金
十一、纳税人成片受让土地使用权后，分期分批开发，分块转让，对允许扣除项目的金额，原则上按转让土地使用权的面积占总面积的比例计算分摊，若按此办法难以计算或明显不合理的，也可按建筑面积计算分摊允许扣除项目的金额。对项目完全竣工前无法按实际成本计算的，可先按建筑面积预算成本计算，待该项目完工后，再按实际发生成本进行清算，多退少补。
十二、土地增值税以纳税人房地产成本核算的最基本的核算项目或核算对象为单位计算。因此，纳税人不能由于开征土地增值税而任意更改房地产成本核算的最基本核算项目或核算对象。
十三、土地增值税的房地产评估价格是指按照《暂行条例》及其《实施细则》规定的评估方法（即：对转让房地产收入按市场比较法评估出市场交易价、对扣除项目金额按重置成本法评估出房屋成本价）评估出的价格。未按规定的评估方法，评估的房地产价格，不能作为税务部门计税时的参考依据。
十四、由于土地增值税所说的房地产评估与一般房地产评估价有区别，因此纳税人在房地产交易市场估价转让房地产后，在计算征收土地增值税时需重新按《暂行条例》和《实施细则》的规定评估价值（只评估房产、建筑物及地上附着物的价值，不评估土地价值）。经税务机关确认后作为计税时的参考依据。
十五、有些房地产开发企业仅出售商品房的使用权，或者如闵行、虹桥、漕河泾开发区虽然出售商品房、标准厂房的产权，但土地使用权归开发企业所有并收取地租的，由于未发生土地使用权转让，均不征收土地增值税。
十六、土地增值税是对有偿转让国有土地使用权为征税对象。对各乡村在集体土地开发建造商品房出售，乡镇企业和农民转让房地产时土地仍属集体所有的，均不征收土地增值税。
以上各点请遵照执行。
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